Die Johannes Gutenberg-Universität Mainz (JGU) ist eine Körperschaft des öffentlichen Rechts und zugleich staatliche Einrichtung. Sie wird vom Präsidium geleitet.
Die Universität gliedert sich der Grundordnung entsprechend in zehn Fachbereiche, in denen verwandte und sachlich benachbarte Fachgebiete unter Berücksichtigung der Ausbildungsbezogenheit zusammengefasst sind. Die Universitätsmedizin der Johannes Gutenberg-Universität Mainz gilt – soweit sie medizinisch-wissenschaftliche Aufgaben in Forschung, Studium und Lehre erfüllt – als Fachbereich der JGU. Zusätzlich sind die Hochschule für Musik Mainz und die Kunsthochschule Mainz integraler Bestandteil der JGU.
Die Universität nimmt die ihr durch das Hochschulgesetz übertragenen Selbstverwaltungsaufgaben in eigener Verantwortung wahr. Den jeweiligen Entscheidungsgremien gehören Mitglieder aus den Gruppen der Hochschullehrerinnen und Hochschullehrer, der Studierenden, der akademischen sowie der nicht wissenschaftlichen Mitarbeiterinnen und Mitarbeiter stimmberechtigt an. Sie werden in freier, gleicher und geheimer Wahl gewählt.